Siikajoen latvaosissa on tehty lopulla koskien perkauksia, joiden tavoitteena on ollut joen uittokäytön helpottaminen, tulvasuojelu ja jokivarsipeltojen ojitusmahdollisuuksien parantaminen. Näiden toimien myötä joen luontainen monimuotoisuus on heikentynyt.
Koskien kunnostuksella pyritään palauttamaan virtavesille ominainen koskien ja suvantojen vuorottelu ja lisäämään virtausolojen vaihtelua.
Vuonna 2021 Siikajoen latvaosan kosket inventointiin ja tehtiin kunnostussuunnitelma. Hanke on saanut jatkoksi Siikajoen latvaosien uittoperattujen koskien ennallistaminen -hankkeen, jossa kunnostetaan Siikajoen latvaosien uittoperattuja koskia Tavastkengän kylän ja Kajaanintien välisellä alueella.
– Tavoite on viidestä kymmeneen koskea kunnostaa tänä syksynä.